Dr. Shoemaker cresceu em Las Cruces, Novo México. Obteve o seu Doutoramento em Medicina Veterinária pela Colorado State University em 1984.
Completou uma residência cirúrgica de quatro anos na Louisiana State University em Baton Rouge para se tornar um cirurgião equino certificado pelo conselho. Depois de trabalhar durante um ano, voltou à LSU como Diretor de Medicina Desportiva Equina até 1990, quando se tornou professor assistente na Escola de Medicina Veterinária em Cirurgia Equina da LSU.

Lecionou na escola de veterinária por 5 anos antes de se mudar para Idaho Falls como cirurgião e proprietário do Eagle Rock Equine Surgical Center. Em 1997, o Dr. Shoemaker mudou-se para o oeste de Idaho e ingressou no Idaho Equine Hospital como cirurgião e coproprietário.

Destacou-se na prática de claudicação, medicina desportiva e cirurgia. 
Membro ativo da Associação Americana de Praticantes de Equinos (AAEP) e faz parte do seu Conselho de Administração desde dezembro de 2005. É, também, membro do Colégio Americano de Cirurgiões Veterinários (ACVS), da Associação Médica Veterinária Americana (AVMA). ) e a Associação Médica Veterinária de Idaho (IVMA).

Apaixonado por medicina regenerativa, esteve envolvido em estudos da FDA para terapia Tildren, bem como terapia com células-tronco. Stuart é casado com Julia Shoemaker e tem três filhos muito ativos.